Styrmir Gunnarsson, ritstjóri Morgunblaðsins, segir Samherjamálið hafa leyst úr læðingi nýjar umræður um tilvistarrétt kvótakerfisins, en almenn sátt hafi ríkt um það hingað til, svona að mestu leyti:

„Þess verður vart, að ein af afleiðum Samherjamálsins séu að nýjar umræður séu að hefjast um kvótakerfið, kosti þess og galla, ekki sízt í sjávarplássum. Inn í þær umræður blandast raunar nýr þáttur, sem snýr að starfsemi íslenzkra útgerðarfyrirtækja í öðrum löndum og samspili fiskverðs og fiskvinnslu á þeirra vegum í öðrum löndum. Þetta er athyglisvert í ljósi þess að eftir að auðlindagjald var tekið upp í sjávarútvegi hefur verið sæmileg sátt um kvótakerfið sem slíkt, þótt deilur hafi alltaf verið um upphæð auðlindagjalds.“

Styrmir segir hinsvegar að nú kunni útgerðarfyrirtækin að ókyrrast, þegar farið verður að skoða kvótakerfið nánar:

„En nú kann sem sagt að vera, að umræður um kvótakerfið séu að hefjast á ný og þess verður vart að útgerðarfyrirtæki hafi áhyggjur af framvindu mála á þeim vettvangi.“

Íslenska kvótakerfið hefur verið sagt það besta í heimi og því til staðfestingar er skemmst að minnast þess að Namibía leitaði til Íslands þegar skipuleggja átti fiskveiðistjórnunarkerfi þeirra frá grunni í kjölfar sjálfstæðis landsins. Stórfé var varið til þeirrar þróunarsamvinnu af hálfu Íslands, en Samherji hóf þar fiskveiðar nánast um leið og þeirri þróunarsamvinnu lauk.