Stóru útgerðirnar ráða yfirgnæfandi hluta aflaheimilda. Tuttugu stærstu útgerðirnar fara með yfir 78% þeirra og margar þeirra tengjast í gegnum eignabönd og eiga minni útgerðir. Þrátt fyrir að Samtök fyrirtækja í sjávarútvegi vísi í minni útgerðir þegar rætt er um veiðigjöld, eru það í raun stærstu félögin sem halda kvótanum.
Brim hf., stærsta útgerð landsins, fer með samtals 12,16% aflaheimilda með dótturfélögum og hefur einnig hlut í öðrum útgerðum. Guðmundur Kristjánsson, stærsti eigandi Brims, á einnig Útgerðarfélag Reykjavíkur – eitt stærsta útgerðarfélag landsins. Fjölskylda hans heldur nær 50% hlut í Brimi.
Guðbjörg Matthíasdóttir og erfingjar Marteins Haraldssonar eiga saman 60,55% í Ísfélaginu, sem á 6,82% aflaheimilda. Þrátt fyrir markaðsskráningu eru stjórn félagsins og yfirráð áfram í höndum þessara fjölskyldna.
Fjölskyldur á bak við Samherja, Gjögur og Vísi eru lykilaðilar að eignarhaldi í Síldarvinnslunni, fjórðu stærstu útgerð landsins. Þessar fjórar fjölskyldur eiga saman yfir 50% í félaginu, sem sjálft á nær 12% aflaheimilda. Samherji og tengd félög eiga samtals 23% aflaheimilda. Samkeppniseftirlitið og Fiskistofa hafa átt erfitt með að greina þessi eignatengsl.
Árið 1997 réðu sömu fyrirtæki og nú eiga 70 % aflaheimilda yfir 30% aflaheimilda. Þegar kvótakerfið var gert varanlegt og kvóti varð viðskiptaleg eign, jókst fjármögnunargeta útgerða stórlega. Fjölmargir útgerðareigendur hafa síðan notað arðinn til fjárfestinga víða, meðal annars í fjölmiðlum. Árið 2009 keyptu nokkur stórútgerðarfélög Árvakur (útgefanda Morgunblaðsins) til að hafa áhrif á umræðu, samkvæmt fyrrverandi útgefanda blaðsins.
Kaupfélag Skagfirðinga á FISK-Seafood, sem hefur 5,66% aflaheimilda, og stóran hlut í Vinnslustöðinni með 4,25%. Félagið hefur einnig fjárfest í fjölmörgum öðrum greinum, m.a. matvælaframleiðslu, veitingum, afþreyingu og fjölmiðlum, og er stærsti eigandi Mjólkursamsölunnar. Samkeppniseftirlitið bannaði fyrirtækinu að kaupa mæjónesfyrirtækið Gunnars ehf. árið 2023 eins og frægt varð.
Eigandi Ísfélagsins, Guðbjörg Matthíasdóttir, keypti þó Gunnars í gegnum annað félag sitt, Mylluna-Ora, sem hún á að mestu með fjölskyldu sinni. Það félag á fjölmörg matvælafyrirtæki, s.s. Mylluna, Frón og Ora, auk helmingshlutar í innflutningsrisanum Ó. Johnson & Kaaber. Hún á einnig Fastus, sem hefur sameinað nokkur fyrirtæki og er virkt í heildsölu á vörum til veitingareksturs og heilbrigðisvörum. Hún er auk þess hluthafi í Klíníkinni, Dominos á Íslandi og Morgunblaðinu.
Þorsteinn Már Baldvinsson og Kristján Vilhelmsson – áður eigendur Samherja – hafa flutt hluta auðsins yfir í fjárfestingafélagið Kaldbak. Það á m.a. hluti í Högum, Sjóvá, Jarðborunum og fleiri félögum. Þeir eiga einnig hlut í Eimskip, m.a. með fyrrverandi eiginkonu Þorsteins.
Á Alþingi hefur verið samþykkt að láta vinna skýrslu um eignatengsl stærstu útgerða og tengdra aðila. Skýrslan, sem unnin verður af atvinnuvegaráðuneytinu, á að taka til eignarhalds tuttugu stærstu útgerðarfélaga, tengdra félaga og krosseignatengsla, með hliðsjón af samkeppnislögum.
