Eiginmaður hennar, Ole, beið hennar við lögreglustöðina í bænum. En þangað komst hún aldrei. Þegar hún átti 100 metra eftir ófarna þangað hitti hún John Knudsen. Hann hafði áður hlotið dóm fyrir nauðgun.
Hann neyddi Kirsten í langan göngutúr sem endaði í báti hans, Pampero 2, sem lá við bryggju í bænum.
Þar pyntaði hann hana á grimmdarlegan hátt í rúman sólarhring. Hann batt hana og keflaði áður en hann sigldi út á fjörðinn.
Í um 30 klukkustundir hélt hann henni fanginni, nauðgaði henni margoft á meðan og pyntaði. Ofbeldið tók hann upp með farsíma sínum.
Að lokum kæfði hann hana og batt blýlóð við fætur hennar og henti líkinu í fjörðinn.
Það var móðir John Knudsen sem vakti athygli lögreglunnar á honum því þremur dögum eftir að Kirsten hvarf tilkynnti hún lögreglunni um hvarf hans. Það var ólíkt honum að láta sig hverfa og láta ekki heyra í sér.
Hvorki móðir hans né synir hans tveir höfðu heyrt frá honum og hann hafði heldur ekki komið á hverfiskrána sem hann var vanur að sækja. Fjölskyldan hafði áhyggjur og tilkynnti um hvarf hans.
Lögreglan sá strax að John hafði hlotið dóm fyrir nauðgun. Þegar hún kannaði upplýsingar frá farsíma hans fór lögregluna að gruna að hann tengdist hvarfi Kirsten.
Á svipuðum tíma fann sorphirðumaður fatnað og aðra muni í eigu Kirsten í ruslagámi í Haderslev. Við hlið munanna var plastglas. Á því voru fingraför John Knudsen.
Lögreglan var þess nú fullviss að eitthvað glæpsamlegt hefði átt sér stað.
Grunur hennar beindist að John Knudsen og var lýst eftir honum í gegnum Alþjóðalögregluna Interpol. Einnig var bátur hans, sem lá í höfninni í Haderslev, rannsakaður hátt og lágt.
Fljótlega kom í ljós að John Knudsen hafði flúið til Spánar. 4. nóvember 2009 var hann handtekinn í Zaragosa. Hann var framseldur til Danmerkur.
Þegar hann var færður fyrir dómara í Danmörku og gæsluvarðhalds var krafist yfir honum játaði hann að hafa myrt Kirsten.
Þegar réttað var yfir honum sagðist hann hafa íhugað að sleppa Kirsten þegar hann hefði lokið við að nauðga henni. Hann sagði að þau hefðu drukkið kaffi saman og spilað eftir að hann nauðgaði henni.
Hann sagði að þau hafi einnig borðað hrökkbrauð og Kirsten hafi fengið rauðvínsglas og hann bjór. Skyndilega hafi hann áttað sig á að hann „væri kominn út á þunnan ís og vissi ekki hvernig hann gæti komið sér af honum“.
Hann bað Kirsten að fara inn í káetu og leggjast upp í rúm. Þar batt hann hana aftur fasta. Hann sagði henni að hann væri leiður yfir þessu en hann vissi ekki hvernig hann gæti losnað úr þessu nema með því að myrða hana. Hann sagði henni að hann ætlaði að myrða hana á eins sársaukalausan hátt og hann gæti. Hann sagðist hafa séð og lesið að þjáningarminnsti dauðdaginn væri ef poki væri settur yfir höfuð fórnarlambsins og það kæft. Það gerði hann því.
Niðurstaða geðrannsóknar var að John Knudsen hafi ekki verið geðveikur þegar hann myrti Kirsten og að hann væri í meðallagi greindur. En niðurstaðan var einnig að hann væri hættulegur og að miklar líkur væru á að hann myndi fremja svipuð afbrot í framtíðinni.
Þann 22. september 2010 var John Knudsen dæmdur í ævilangt fangelsi.