Í reglugerð um vinnslu og heilbrigðiseftirlit með hvalaafurðum frá árinu 2009 (tók gildi 2010) segir að allur hvalskurður skuli fara fram innandyra þar sem um matvæli sé að ræða. Aldrei var farið eftir þessari reglugerð hjá fyrirtæki Kristjáns Loftssonar, Hval hf. að sögn Freydísar Dönu Sigurðardóttur, fagsviðsstjóra hjá Matvælastofnun í Fréttablaðinu:
„Það er rétt að það hefur aldrei verið yfirbyggður skurðarflötur hjá Hval hf. eins og reglugerðin sagði til um.“
Samkvæmt frétt Fréttablaðsins virðist sem að Matvælastofnun hafi aldrei gert athugasemdir við starfssemi Hvals hf. vegna þessa, þó svo fyrirtækið hafi virt reglugerðina að vettugi.
Kristján Þór Júlíusson, sjávarútvegsráðherra, slakaði á kröfunum um hvalskurð í byrjun sumars, en starfsleyfi Hvals hf. rennur út þann 15. september næstkomandi. Til þess að fá endurnýjun á starfsleyfinu þarf fyrirtækið að uppfylla allar kröfur sem tilgreindar eru í lögum og reglugerðum.
„Þessu ákvæði var breytt með reglugerð og ekki er lengur gerð krafa um yfirbyggðan skurðarflöt, heldur þarf viðeigandi varnir til að koma í veg fyrir mengun afurða skv. áhættumati sem rekstraraðili gerir,“
að sögn Viktors Pálssonar, lögfræðings hjá Matvælastofnun.
Matvælastofnun gerði sjö athugasemdir við starfssemi Hvals hf. við eftirlit þann 12. júní og töldust þær sem frávik frá starfsleyfi Hvals hf.
Tveimur vikum síðar voru enn sex frávik skráð.
Hvalur hf. er eina hvalveiðistöðin í heiminum sem veiðir stórhveli, en fyrirtækið hóf veiðar á langreiði í sumar eftir tveggja ára hlé, við mikil mótmæli dýraverndunarsinna og þeirra sem telja heildarhagsmuni Íslands vega þyngra en samanlagður hvalkvóti Hvals hf. Því séu veiðarnar aðeins ávísun á frekari vandræði.
