Mikill styr hefur staðið um Pírata undanfarnar vikur eftir að kosið var til framkvæmdastjórnar á aðalfundi flokksins þann 7. september sl. Þar átti sér stað töluverð nýliðun í framkvæmdastjórn og ekki voru allir sáttir með aðdraganda kosninganna. Fyrrum samskiptastjóri Pírata, Atli Þór Fanndal, var sakaður um smölun og um að hafa staðið fyrir hallarbyltingu.
Fór svo að nýkjörinn formaður framkvæmdastjórnar, Halldór Auðar Svansson, steig til hliðar og varamönnum gefinn sömu réttindi og aðalmönnum í framkvæmdastjórn. Þeir varamenn sem þessi breyting náði til voru annars vegar fráfarandi formaður framkvæmdastjórnar. Atli Stefán Yngvason og Rúnar Björn Herrera Þorkelsson, fyrrum ritari framkvæmdastjórnar.
Fyrir vikið hefur forysta Pírata verið sökuð um að virða ekki lýðræðislegt kjör til framkvæmdastjórnar og Atla Þóri Fanndal var þar að auki sagt upp störfum. Atli Þór hefur verið gagnrýnin á forystuna undanfarnar vikur og þá sérstaklega gagnrýnt að einkasamtöl hans og nýliða í framkvæmdastjórn voru tekin til umræðu á þingflokksfundi Pírata, en Atli Þór telur þetta brjóta gegn persónuvernd.
Nú liggur fyrir að Alþingiskosningar eru ekki langt undan, en leiða má að því líkur að Atli Þór ætli sér ekki að kjósa Pírata eftir allt havaríið sem á undan hefur gengið. Hann skrifar á Facebook:
„Hvað heitir það þegar menn nýta sér aðgengi að gæðum sem ekki standa öllum til boða í þágu eigin hagsmuna? Flokkur lýðræðis hefur forustu ekki sættir sig við niðurstöðu kosninga. Breytir þeim bara og slengir vinum sínum sem tapa bara inn í stjórn. Flokkur friðhelgi einkalífsins er með þingflokk sem njósnar um stjórnmálaþátttöku annarra Pírata. Þingflokk sem finnst fullkomlega eðlilegt að safna, dreifa og fjalla um samtöl Pírata um eigin stjórnmálaþátttöku. Og já flokkurinn sem telur sig í andstöðu við spillingu notar aðstöðu þingsins til að hefja kosningabaráttuna. Stundar aðstöðubrask. Ekki sóa atkvæðunum ykkar. Forusta Pírata er eins langt frá gildum Pírata og komist verður.“