Charles var sakfelldur fyrir að myrða fyrrverandi kærustu sína, Glendu Dennise Hayslip og nýjan kærasta hennar, Darren Keith Cain, í íbúð Glendu í úthverfi Texas í apríl 1998.
Samkvæmt dómsskjölum voru Hayslip og Cain að stinga saman nefjum þegar Thompson kom í íbúð Hayslip um miðja nótt og hóf rifrildi við Cain.
Lögregla var kölluð á staðinn og var Thompson gert að yfirgefa svæðið. Hann sneri aftur þremur klukkustundum síðar og skaut bæði Hayslip og Cain. Cain lést á staðnum en Hayslip lést á sjúkrahúsi viku síðar.
Um klukkustund áður en aftakan fór fram birti Hæstiréttur Bandaríkjanna úrskurð þar sem síðustu áfrýjun Thompson var hafnað. Á mánudag hafnaði náðunarnefnd Texas beiðni Thompson um að dauðadómi hans yrði breytt í lífstíðarfangelsi.
Thompson komst aftur í fréttirnar í nóvember 2005 þegar honum tókst að flýja úr fangelsi. Hann hafði undirbúið flóttann vel og smyglað ýmsum munum inn í klefa sinn, þar á meðal borgaralegum fötum, lykli að handjárnum og fölsuðum skilríkjum.
Hann þóttist svo vera að fara á fund með lögmanni og nýtti fundarherbergi í fangelsinu til að skipta um föt. Hann gekk svo út úr fundarherberginu, snyrtilega klæddur, og veifaði fölsuðu skilríkjunum framan í starfsmenn fangelsisins og slapp þannig út.
Thompson var handtekinn þremur dögum síðar í Louisiana þegar hann var að reyna að útvega sér peninga til að flýja til Kanada. Hann er eini fanginn á dauðadeild í Bandaríkjunum sem tekist hefur að flýja úr fangelsi á þessari öld.
