Að kvöldi 3. maí 2007 hvarf Madeleine McCann, sem vantaði 10 daga upp á að ná fjögurra ára aldri, úr íbúð í Ocean Club í Praia da Luz í Portúgal þar sem hún var í sumarfríi með foreldrum sínum. Þau höfðu skilið Madeleine og tveggja ára tvíburasystkin hennar eftir í íbúðinni meðan þau fóru að borða á nálægum veitingastað með vinum sínum. Allt frá þessu örlagaríka kvöldi hefur lögreglan, bæði sú portúgalska og sú breska, unnið að rannsókn málsins, þó með hléum, en án árangurs. Margar kenningar hafa verið settar fram um hvað gerðist þetta kvöld en þær hafa ekki leitt til nokkurs sem hefur varpað skýru ljósi á afdrif hennar.
Margt hefur verið rætt og ritað um málið og heimildamyndir hafa verið gerðar. Einna mesta athygli vakti líklegast heimildamynd Netflix, The Disappearance of Madeleine McCann, en í henni er rætt við lögreglumenn, sem hafa unnið að rannsókn málsins, auk annarra. Ekki er að sjá að áhugi fólks á málinu fari þverrandi og öðru hverju skjóta upp kollinum nýjar kenningar um afdrif hennar. Líklega mun það halda áfram að gerast næstu árin ef að ekki fæst niðurstaða í málið. Eftirtaldar kenningar eru meðal þeirra sem hafa verið einna mest ræddar meðal fólks í gegnum árin.
Fljótlega eftir að Madeleine hvarf fóru að heyrast raddir sem töldu að foreldrar hennar, læknahjónin Kate og Gerry McCann, ættu hlut að máli. Í september 2007 fengu þau stöðu grunaðra í rannsókn portúgölsku lögreglunnar. Kenningin var að þau hefðu orðið dóttur sinni að bana fyrir slysni með því að gefa henni of mikið af róandi lyfi í þeirri von að hún svæfi á meðan þau færu út að borða með vinum sínum. Hjónin áttu síðan að hafa falið líkið, sett brottnám hennar á svið og þremur vikum síðar, þegar leit að Madeleine stóð sem hæst, að hafa sett lík hennar í farangursrými bílaleigubíls og ekið með það á afskekktan stað þar sem þau földu það. Svo virðist sem portúgalska lögreglan hafi trúað þessu eða einhverju álíka og það virðist hafa styrkt trú hennar að tveir sporhundar, sem breska lögreglan fór með til Algarve í júlí 2007, virtust gefa ákveðna svörun. Annar hundanna var sérþjálfaður í að greina lykt af mannsblóði en hinn af líkum fólks. Farið var með þá á marga staði en þeir sýndu engin viðbrögð nema í íbúðinni sem McCann-fjölskyldan hafði dvalið í. Líkleitarhundurinn sýndi einnig viðbrögð þegar hann fór í bílaleigubílinn sem McCann-hjónin leigðu 24 dögum eftir að dóttir þeirra hvarf.
Breskir sérfræðingar rannsökuðu hár og trefjar sem fundust í bílnum og íbúðinni. Fjórum dögum eftir að þeirri rannsókn lauk fengu foreldrarnir stöðu grunaðra í málinu hjá portúgölsku lögreglunni. Þarlendir lögreglumenn sögðu að DNA-gögn væru ein af ástæðunum fyrir því. Síðar kom í ljós að hvorki frammistaða leitarhundanna né DNA-gögnin voru eins skotheld og sumir töldu. Deilt hefur verið um áreiðanleika leitarhunda. Í einu bandarísku máli féllst dómari á greiningu á frammistöðu þriggja líkleitarhunda en þeir reyndust hafa rangt fyrir sér í 78%, 71% og 62% tilfella.
Hvað varðar DNA-gögnin voru ákveðnir fyrirvarar á þeim þegar niðurstaða bresku rannsóknarstofunnar lá fyrir. Yfirmaður rannsóknarstofunnar sagði að ekki væri hægt að skera úr um hvort það hefðu verið erfðaefni úr Madeleine sem fundust í bílnum. Til þess hafi vantað fleiri þætti í gögnin. Ekki væri hægt að útiloka að um erfðaefni einhvers annars væri að ræða.
Í júlí 2008 féll portúgalska lögreglan frá grun sínum á hendur McCann-hjónunum en þau héldu alltaf og hafa alltaf haldið fram sakleysi sínu. Þau hafa alla tíð vísað „fáránlegum“ kenningum, um að þau hafi notað bílaleigubílinn til að losa sig við lík Madeleine, á bug.
Önnur vinsæl kenning er að innbrot í íbúð McCann-fjölskyldunnar hafi farið úrskeiðis. Samkvæmt kenningunni var brotist inn og hafi Madeleine annaðhvort verið myrt eða numin á brott vegna þess að hún vaknaði og sá hvað innbrotsþjófarnir voru að gera. Orðrómur er uppi um að Lundúnalögreglan Scotland Yard hafi ekki útilokað að þetta hafi gerst. Það er þó rétt að hafa í huga að ef innbrotsþjófur eða þjófar hefðu fyllst örvæntingu þegar barn vaknaði hefðu þeir líklegast skilið eftir sig slóð sönnunargagna því þeir hefðu þá þurft að bregðast hratt við.
Scotland Yard yfirheyrði fjóra menn, sem bjuggu í Praia da Luz, árið 2014 en þeir voru taldir geta tengst málinu. Bakgrunnur þeirra, símagögn og staðsetning þeirra þegar Madeleine hvarf benti til að þeir hefðu getað tengst innbroti sem fór úrskeiðis. Lögreglan tilkynnti síðan að engar sannanir hefðu fundist fyrir tengslum þessara manna við hvarf Madeleine.
Þrátt fyrir að breska lögreglan telji ekki útilokað að innbrot hafi farið úrskeiðis þá telur fyrrverandi formaður samtaka portúgalskra lögreglumanna þessa kenningu fáránlega.
„Þessi innbrotskenning er fáránleg. Ekki einu sinni veski hvarf, ekki sjónvarpstæki, ekkert hvarf. Barn hvarf,“ sagði hann í samtali við breska fréttaskýringaþáttinn Panorama.
Árið 2009 bárust fregnir af því að lögreglan teldi ekki útilokað að Madeleine hefði verið rænt eða hún myrt af barnaníðingi eða barnaníðingum. Fram kom að mikill fjöldi barnaníðinga hafi verið á Algarve þegar hún hvarf tveimur árum áður.
„Það eru 38 þekktir kynferðisbrotamenn í Algarve. Svæðið er eins og segull fyrir barnaníðinga. Á síðustu fjórum árum hafa verið sjö kynferðisbrot gegn börnum ferðamanna í Algarve. Þeir nota allir sömu aðferðir og voru notaðar við hvarf Madeleine – það er brotist inn í sumarleyfisíbúðir og brotið gegn börnum. Fimm áttu sér stað áður en Madeleine hvarf og tvö eftir það. Eitt átti sér stað mánuði eftir að hún hvarf,“ sagði heimildarmaður við fjölmiðla.
Því var velt upp hvort virkur barnaníðingur gæti hafa verið að verki og að hann gerst sekur um grófari hluti en áður. Í þetta skipti hefði viðkomandi ekki látið nægja að brjóta gegn barni í sumarleyfisíbúð heldur numið það á brott og jafnvel drepið það.
Margar útgáfur hafa komið fram af þessari kenningu. Meðal annars að belgískur barnaníðshringur hafi „pantað“ unga stúlku hjá glæpahópi sem sá síðan um að ræna Madeleine. Því hefur jafnvel verið haldið fram að búið hafi verið að taka myndir af Madeleine úr laumi og senda til belgíska barnaníðingshringsins sem hafi staðfest að hún uppfyllti kröfur þeirra og í framhaldinu gefið grænt ljós á að henni yrði rænt.
Samkvæmt annarri kenningu á Madeleine að hafa verið flutt beint niður að höfninni í Lagos og þaðan hafi verið siglt með hana til Marokkó. Fréttir hafa borist af því að stúlka, sem líktist Madeleine, hafi sést í Marokkó á þeim tíma sem hún hvarf. Foreldrar hennar fóru til Marokkó fljótlega eftir hvarf hennar til að biðla til fólks um upplýsingar. Marokkó ber einnig á góma í kenningum um að Madeleine hafi verið seld í þrældóm í ríkjum við Sahara.
Kenningum hefur verið varpað fram þess efnis að Madeleine hafi vaknað, séð að foreldrar hennar voru ekki í íbúðinni og þá yfirgefið hana, lent í slysi og látist. Fram hefur komið að margar slysagildrur voru nærri sumarleyfisíbúð fjölskyldunnar. Ef hún hefði villst í myrkrinu og tekið ranga beygju, innan við 200 metra frá íbúðinni, hefði hún lent inni á vinnusvæði þar sem unnið var að vegagerð. Þar var verið að grafa fyrir lögnum. Getur hugsast að hún hafi dottið þar ofan í, dáið eða misst meðvitund? Að ekki hafi verið tekið eftir henni þegar vatni var hleypt á lagnakerfið morguninn eftir? Bæði verkfræðingurinn og verkstjórinn, sem stýrðu verkinu, segja að vinnusvæðið hafi verið girt af og að bæði þeir og lögreglan hefðu kannað það.
Önnur útgáfa af slysasögunni gengur út á að ölvaður ökumaður hafi ekið á Madeleine, fyllst örvæntingu og falið lík hennar. Staðkunnugur hefði búið yfir upplýsingum um hvar væri hægt að fela lík án þess að það fyndist áratugum saman.
