„Mér sýnist á öllu að hér sé um misskilning að ræða,“ sagði séra Gunnar við DV þann 5. maí árið 2008 þegar hann var inntur eftir svörum um mál stúlknanna gegn honum. „Það hefur lengi verið minn stíll að faðma fólk að mér,“ og „það getur meira að segja hent að smelli kossi á kinn.“
Gunnar hafði þá verið yfirheyrður af lögreglunni á Selfossi þar sem hann viðurkenndi að hafa faðmað og kysst stúlkurnar. Hann sagðist þó öruggur um stöðu sína gagnvart skjólstæðingum sínum og að málið ylli honum ekki hugarangri. Hann tók sér hins vegar sex mánaða leyfi frá störfum í kirkjunni.
Þrátt fyrir að vera í leyfi hélt séra Gunnar áfram að sinna prestsstörfum, jarðaði, skírði og gaf saman fólk. Forsvarsmenn Biskupsstofu og Guðbjörg Jóhannesdóttir, settur sóknarprestur, sendu honum bréf þess efnis að hann skyldi hætta að sinna þessum verkum.
Lögreglan rannsakaði málin sem blygðunarsemisbrot, kynferðisbrot sem getur legið allt að fjögurra ára fangelsisvist við, og síðla árs var málið komið fyrir Héraðsdóm Suðurlands. Var séra Gunnar sakaður um að hafa strokið einni stúlkunni utanklæða, upp og niður mjóbakið, á skrifstofu sinni, og sagt við hana að honum liði illa og ef hann faðmaði hana þá myndu illir straumar hverfa úr líkama hans. Hin sagði hann hafa kysst hana á kinnina og reynt að kyssa hana á munninn. Einnig að hann hafi sagst vera skotinn í henni og að hún væri falleg. Hún sagði fyrir dómi:
„Hann strauk varirnar, náði samt ekkert að kyssa mig alveg af því að ég færði mig svona frá, svo kyssti hann mig nokkrum sinnum á hina kinnina.“ Sagði hún séra Gunnar hafa sýnt henni mikla athygli, boðið henni far, kvatt hana lengi og faðmað. Þessu hafi fylgt snertingar við brjóst og rass.
Séra Gunnar viðurkenndi fyrir dómi að hafa kysst og faðmað en taldi það ekkert kynferðislegt. Hann neitaði hins vegar að hafa sagt annarri stúlkunni að hann væri skotinn í henni.
Dómurinn komst að þeirri niðurstöðu að gjörðir séra Gunnars brytu ekki í bága við lög og var hann því sýknaður í desember árið 2008. Þá niðurstöðu staðfesti Hæstiréttur í mars ári seinna.