DV hefur heimildir fyrir því að Gísli Marteinn Baldursson hafi í prófkjöri 2005 og aðdraganda borgarstjórnarkosninganna 2006 fengið eina milljón króna frá Baugi. Baugur lagði fram fé til allra sem fóru fram á það á þessum tíma, alls um 20 til 30 frambjóðenda. Upphæðin var að lágmarki 250 þúsund krónur en gat verið mun hærri eins og í tilviki Gísla Marteins.

Gísli Marteinn segist ekki hafa vitað af þessu framlagi. „Þetta var í höndum fjármálaráðs og aðrir sáu um fjáröflunina í mínu tilviki þannig að ég vissi ekki hvaðan framlögin komu. Mér eins og fleirum þótti eðlilegra að hafa þann háttinn á að skilja á milli okkar frambjóðendanna og fjáröflunarinnar.“